木耳的主要病害包括各种霉菌和“流耳”。
1、在生产过程中要全部使用洁净水；拌料时，适当提高PH值，加2%―3%的生石灰。
2、接种前要对接种箱（室）、接种袋、菌种、接种工具、封口棉塞、消毒药品等，每立方米用甲醛10毫升和高锰酸钾5克或用保菇王每立方米3―4克熏蒸消毒。
3、培养料装袋后要及时灭菌，常压灭菌100℃开始计算，要维持8―12小时，以保证灭菌彻底。
4、经常检查，发现感染的菌种和栽培袋及时剔除，同时要及时通风干燥，控制室温在20―22℃。
5、菌袋出耳期间发生小面积霉菌，可剌开有杂霉部位的塑料袋，在杂菌部位撒上菌绝杀粉或用0.2%高锰酸钾或多菌灵溶液喷洒消毒。
6、及时清理残耳，并在其场地喷打0.2%多菌灵或漂白粉溶液。
7、对于“流耳”，除搞好预防之外，可试用25单位/亳升浓度的金霉素(或土霉素)溶液，或者500倍液的代森锌(或退菌特)溶液喷雾。
二、主要虫害防治
主要有蚊类、蝇类、螨类、蛞蝓、线虫、跳虫等。
1、搞好环境卫生，消灭越冬虫源。及时处理废料和污染袋，彻底消除棚室内及四周的垃圾及其它易腐败物质，地面撒一层石灰。
2、防止成虫入内。发菌室装纱窗纱门，成虫高峰期每隔3―5天在窗门纱上用80%的敌敌畏500倍液或用50%可湿性敌百虫1斤，加水1000-1500斤喷洒。
3、诱杀。(1)糖醋液(白酒0.5份、水2份、红糖3份、醋4份)放入瓷盘中，再滴入几滴敌敌畏或敌百虫，置于发菌室或栽培室内诱杀成虫。(2)用黑光灯或普通白炽灯诱捕成虫灯下置一盘废耳或肥料浸出液，加上几滴敌敌畏诱杀。
4、在成虫高峰期用80%敌敌畏800倍液每隔3-5天对耳棚(室)进行喷雾。
5、蛞蝓。可人工捕杀也可用蜗牛净拌入碎青草中，于傍晚撒于栽培场所附近进行诱杀；用菇哈哈喷雾可以杀死线虫，浓度为600毫克/升；栽培养室发生跳虫，可喷0.1%的鱼藤精或除虫菊酯(1：500-2000)。
