1、黏液：用解剖刀刮取鱼类体表黏液，制成玻片，用显微镜或解剖镜检查，可发现鱼波豆虫、隐鞭虫、黏孢子虫、小瓜虫、车轮虫及吸虫囊蚴等病原体。

2、鼻腔：用镊子或微吸管从鼻腔内取少许内含物，置显微镜下检查，可发现黏孢子虫、车轮虫等原生动物。

3、血液：从鳃动脉或心脏取血。血液镜检可发现锥体虫等原生动物寄生虫。

4、腮：取小块鳃组织制成切片，在显微镜下检查，可发现鳃隐鞭虫、波豆虫、车轮虫、黏孢子虫、肤孢虫、斜管虫、小瓜子虫、杯体虫、毛管虫、指环虫等寄生虫。

5、体腔：打开体腔，发现有白点，用解剖镜或显微镜检查，可发现黏孢子虫、微孢子虫、绦虫等成虫和囊蚴。

6、胃肠：将肠分前、中、后三段，分别取胃肠内含物一小滴置于载玻片上，滴一小滴生理盐水，压片镜检，可发现鞭毛虫，变形虫、黏孢子虫、微孢子虫、球虫和纤毛虫等原生动物。六鞭毛虫、变形虫和肠袋虫一般寄生在后肠近肛门3～7厘米处，而复殖吸虫、绦虫、线虫和棘头虫等通常在胃、前肠或中肠寄生。

7、胆囊：胆囊壁和胆汁，除用载玻片法在显微镜下检查外，还要用压展法或放在培养皿里用解剖镜或低倍显微镜观察。胆囊内可发现六鞭毛虫、黏孢子虫、微孢子虫、复殖吸虫和绦虫幼虫等。

8、鳔：用载玻片法和压展法同时检查，可发现复殖吸虫、线虫、黏孢子虫及其胞囊。

9、眼：用弯头镊取出眼睛，放于玻片上，剖开巩膜，释出玻璃体和水晶体，在低倍显微镜下或解剖镜下检查，可发现双穴吸虫的囊蚴和黏孢子虫等。

10、肌肉：剥去皮肤，分前、中、后取小片肌肉组织，用玻片法和压展法检查。可发现黏孢子虫、复殖吸虫、绦虫和线虫等幼虫。