一、现场调查
现场调查是为了了解病鱼的活动情况、饲养管理和水环境的变化等具体情况，为综合分析、准确诊断鱼病和采取有效的防治措施提供基本的依据。
1.病鱼活动情况的调查：调查鱼病发生的时间、发病鱼的种类、病鱼在行动上有何异常表现、是否出现死亡以及死亡情况等等。一般情况下，鱼病的发生有一段过程，会出现抢食能力减弱、鱼体体色发黑、体质瘦弱、离群独游，活动缓慢、死亡率缓步上升，这主要是由慢性型疾病所致。而当鱼体体表有寄生虫的侵袭，或者有毒物质（如农药和工业污染等）大量流入，则会出现鱼类在水中急躁不安、上蹿下跳或急剧狂游。
2.养殖水环境的调查：水环境的急剧变化也能引起鱼类大批死亡，对发病严重的养殖水体，还应进行pH值、溶解氧、氨氮、亚硝酸盐、硫化氢、有机磷、重金属等方面有关的水质指标进行分析测定。
3.饲养管理调查：鱼类的健康与饲养管理的好坏有直接的关系，饲养管理不善会导致鱼病的发生。因此，对清塘、施肥、投饵、放养品种和规格、密度、拉网操作技术等方面的具体情况以及历年的发病情况，都应进行详细的调查了解，为鱼病的诊断和治疗提供依据。鱼池未进行彻底清塘、施肥不当、饲料质量差或投饵过多等，都会引起水质恶化，给鱼类病原的孳生、繁衍提供有利环境。拉网和运输过程中操作不当，使鱼体受伤，细菌和真菌等病原菌会乘虚而入，引起细菌性疾病和真菌性疾病的发生。
二、病鱼的检查
1.目检：鱼生病后，由于病原体的寄生或感染对病鱼在生理上引起的反应而表现出种种不正常的活动，寄生在鱼体表和鱼体内的病原体常常会引起患病部位产生一定的病变，这种不正常的活动和病变通常被称为是症状，可以依据病鱼表现的症状进行诊断鱼病。例如，一般病毒性和细菌性疾病，常会表现出充血、发炎、脓肿、腐烂、蛀鳍、竖鳞等症状。寄生虫性鱼病常会表现出粘液过多，有出血点，有的还有点状或块状的胞囊等。另外，有些大型的寄生虫如锚头鳋病、中华鳋病、水蛭等可以直接用肉眼观察到。由真菌引起的水霉病，因菌丝大量生长形成肉眼可见的灰白色棉絮状，也可直接进行诊断。
进行检查的病鱼要求刚死的或垂死的病鱼，置于白瓷盘或盆中。首先进行体表检查，沿头部、躯干部到尾部，嘴、眼睛、鳃盖、鳞片、鳍条等顺序仔细观察。一些大型的病原体，很容易检出。但一些肉眼不能够识别小型病原体，则应根据症状来判断。如车轮虫、鱼波豆虫、斜管虫、小瓜虫等寄生引起的鱼病的症状，一般会表现出鱼体体表分泌大量粘液，有时混杂着污泥，或是头、嘴及鳍条未端腐烂，但鳍条基部一般不出现充血现象。复口吸虫病，则常表现出眼球混浊，呈白内障。急性感染的出血性，眼球突出，肛门红肿，腹部膨胀。细菌性赤皮病，病鱼常表现出腹部及鱼体两侧体表出血发炎，鳞片脱落。竖鳞病，轻度感染的病鱼鱼体发黑，体表粗糙，鱼体前部鳞片竖立，鳞囊内有半透明液体。严重的病鱼全身鳞片竖立，鳞囊内积有含血的渗出液。疖疮病则在病变部位发炎脓肿等。
2.鳃部的检查：用剪刀剪去鳃盖，观察鳃片的颜色是否正常，粘液的多少，鳃丝末端是否出现肿大、腐烂现象。细菌性烂鳃病的鳃丝末端腐烂，粘液增多；鳃霉病的鳃片颜色比正常鱼鳃片的颜色发白，略带血红色小点；小型寄生虫如波豆虫、隐鞭虫、指环虫和三代虫寄生时，鳃丝上会产生许多粘液；若是大型寄生虫如中华蚤、鱼蚤以及粘胞子虫的胞囊寄生时，鳃丝表现为肿大，鳃盖胀开等症状。
3.内部器官的检查：将鱼腹剖开，体腔里的器官露出来后，首先要仔细观察显露出来的器官有无可疑病象；同时注意肠壁上、脂肪组织、肝胰脏、胆囊、脾、鳔等有无肉眼可见的病原体如鱼怪、线虫、舌状绦虫等。如发现有白点，可能是粘胞子虫或微胞子虫形成的胞囊。然后用剪刀剪断咽喉部的前肠和肛门部位的后肠，取出内脏，放置在解剖盘中，逐一分离肝胰脏、胆、肾等器官，再把肠道从前肠至后肠剪开，分成前、中、后三段，轻轻剪开肠道，仔细检查是否有寄生虫，线虫、绦虫肉眼可见；肠道上布满小白点或稀散的小白点可能是球虫病或粘孢子虫病。细菌性肠炎会表现肠内无食物或有少许食物，但肠壁充血、发炎、无弹性、有淡黄色粘液等；食物中毒的病鱼，在肠壁充血发炎的同时，肠内有大量食物，且是吃某种饲料的鱼突然大批死亡。
在整个诊断过程中，从调查、目检，结合各种病的流行季节，各种鱼各阶段的发病规律，进行综合分析比较，找出其病因，准确诊断，然后确定治疗方案，对症下药。
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