镜检是在目检不能确诊疾病的情况下，用显微镜或解剖镜对病原体作进一步的辨认。镜检的部位和顺序与目检基本相同。
1、玻片压展法：取被检鱼类器官或组织的一小部分，或一滴黏液、或一滴肠内容物等，置于载玻片上，滴少许清水或生理盐水，用另一载玻片压平，然后置于解剖镜或低倍显微镜下观察，辨认病原体。检查后用镊子或解剖针或微吸管取出寄生虫或可疑的病变组织，分别放入盛有清水或生理盐水的培养皿中，以待作进一步处理。
 2、载玻片法：此法使用于低倍镜或高倍显微镜检查。取要检查的小块组织或小滴内含物置于载玻片上，滴入少许清水或生理盐水。盖上盖玻片，轻轻压平(避免产生空气泡)，先置于低倍镜下检查。寻找目标，然后再用高倍镜观察，以确定病原体。
由于镜检只能检查很小的部分组织，为了避免遗漏，每一个病变部位都要制三个片子，检查不同的组织。