水稻的许多病害是通过种子传染的，如稻瘟病、恶苗病等，因此育秧前面有必要对种子进行严格的消毒。目前常用的方法有：

一、种衣剂拌种，种衣剂是由农药、肥料、激素等物质组成的种子包衣剂，可防治恶苗病、稻瘟病和地下害虫以及防鸟防鼠等。

二、温汤浸种，是杀死稻瘟病、恶苗病等病原体的有效办法。先把种子放入清水中浸24小时，然后移浸于45℃～47℃的温水中预热5分钟，再改浸于50℃～52℃的温汤中10分钟后放入冷水中继续浸种，直至达到发芽要求为止即可。