最好不使用运输商品猪的车辆装运种猪。在运载种猪前应使用高效消毒剂对车辆和用具进行两次以上的严格消毒，最好能空置一天后装猪，在装猪前用刺激性较小的消毒剂（如双链季胺盐络合碘）彻底消毒一次，并开具消毒证。
在运输过程中应想方设法减少种猪应激和肢蹄损伤，避免在运输途中死亡和感染疫病。要求供种场提前2小时对准备运输的种猪停止投喂饲料，赶猪上车时不能赶得太急，注意保护种猪的肢蹄，装猪结束后应固定好车门。
长途运输的车辆，车厢最好能铺上垫料，冬天可铺上稻草、稻壳、锯末，夏天铺上细沙，以降低种猪肢蹄损伤的可能性；所装载猪只的数量不要过多，装得太密会引起挤压而导致种猪死亡；运载种猪的车厢隔成若干个栏圈，安排4头~6头猪为一个栏圈，隔栏最好用光滑的钢管制成，避免刮伤种猪；达到性成熟的公猪应单独隔开，并喷洒带有较浓气味的消毒药（如复合酚等）或者与母猪混装，以免公猪之间相互打架。
长途运输的种猪，应对每头种猪按1ml/10kg注射长效抗生素，以防止猪群途中感染细菌性疾病，对于临床表现特别兴奋的种猪，可注射适量氯丙嗪等镇静针剂。
长途运输的运猪车应尽量走高速公路，避免堵车，每辆车应配备两名驾驶员交替开车，行驶过程应尽量避免急刹车；应注意选择没有停放其他运载相关动物车辆的地点就餐，绝不能与其他装运猪只的车辆一起停放；随车应准备一些必要的工具和药品，如绳子、铁丝、钳子、抗生素、镇痛退热药以及镇静剂等。
另外，新引进的种猪，应先饲养在隔离舍，而不能直接转进猪场生产区，因为这样做极可能带来新的疫病，或者由不同菌株引发相同疾病。种猪到达目的地后，立即对卸猪台、车辆、猪体及卸车周围地面进行消毒，然后将种猪卸下，按大小、公母进行分群饲养，有损伤、脱肛等情况的种猪应立即隔开单栏饲养，并及时治疗处理。先给种猪提供饮水，休息6小时~12小时后方可供给少量饲料，第二天开始可逐渐增加饲喂量，5天后才能恢复正常饲喂量。种猪到场后的前二周，由于疲劳加上环境的变化，机体对疫病的抵抗力会降低，饲养管理上应注意尽量减少应激，可在饲料中添加抗生素（可用泰妙菌素50mg/kg、金霉素150mg/kg）和多种维生素，使种猪尽快恢复正常状态。种猪到场后必须在隔离舍隔离饲养30天~45天，严格检疫。特别是对布氏杆菌、伪狂犬病（PR）等疫病要特别重视，须采血经有关兽医检疫部门检测，确认没有细菌感染阳性和病毒野毒感染，并监测猪瘟、口蹄疫等抗体情况。种猪到场一周开始，应按本场的免疫程序接种猪瘟等各类疫苗，7月龄的后备猪在此期间可做一些引起繁殖障碍疾病的免疫注射，如细小病毒病、乙型脑炎疫苗等。种猪在隔离期内，接种完各种疫苗后，进行一次全面驱虫，使其能充分发挥生长潜能。在隔离期结束后，对该批种猪进行体表消毒，再转入生产区投入正常生产。
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