迄今为止还没有控制和消灭猪圆环病毒2型感染所致其它疾病的有效措施，也没有切实有效的商品化疫苗和药物用来防御猪圆环病毒2型感染感染。而且猪圆环病毒2型感染对常规消毒剂抵抗力很强，给猪场的净化工作带来了困难。目前，控制应采取综合性的控制措施。
1.改变和完善饲养方式，做到养猪生产各阶段的全进全出，避免将不同日龄的猪混群饲养，从而减少和降低猪群之间猪圆环病毒2型感染的接触感染机会。
2.建立猪场完善的生物安全体系，将消毒卫生工作贯穿于养猪生产的各个环节。最大限度地降低猪场内污染的病原微生物，减少或杜绝猪群继发感染的几率。由于猪圆环病毒2型感染对一般的消毒剂抵抗力强，因此，在消毒剂的选择上应考虑使用广谱的消毒药。
3.加强猪群的饲养管理，降低猪群的应激因素。很多应激因素都可诱发、促进猪圆环病毒2型感染的发生和加重发病猪群的病情，导致死亡率上升，因此，应尽可能地减少猪群的应激因素，避免饲喂发霉变质或含有真菌毒素的饲料，做好猪舍的通风换气，改善猪舍的空气质量，降低氨气浓度。保持猪舍干燥，降低猪群的饲养密度。
4.提高猪群的营养水平。由于猪圆环病毒2型感染可以导致猪群的免疫功能下降，因此，营养是影响猪圆环病毒2型感染的一个重要因素。通过提高猪群的蛋白质、氨基酸、维生素和微量元素等水平，提高饲料的质量，提高断奶猪的采食量，给仔猪饲喂湿料或粥料，保证仔猪充足的饮水，可以在一定程度上降低，猪圆环病毒2型感染的发生率和造成的损失。
5.采用完善的药物预防方案，控制猪群的细菌性继发感染。没有有效的药物可以用于猪圆环病毒2型感染的治疗，即使一些继发的细菌性疾病，治疗效果也不好，因此，应提前采用药物预防来控制细菌性继发感染。针对目前我国猪群中猪圆环病毒2型感染的发病特点和在实际生产中的应用效果，建议以下药物用于预防方案。
①仔猪用药：哺乳仔猪在3、7、21日龄注射长效土霉素（200毫克/毫升），每次0.5毫升，或者在1、7日龄和断奶时各注射头胞噻呋（500毫克/毫升）0.2毫升；断奶前1周至断奶后1个月，用泰妙菌素（50克/吨）+金霉素或土霉素或强力霉素（150克/吨）+阿莫西林（500克）拌料饲喂，或者添加2％氟苯尼考（1000～1500克/吨）+泰乐菌素（200～250克/吨）。继发感染严重的猪场，可在28、35、42日龄各注射头胞噻呋（500毫克/毫升）0.2毫升。
②母猪用药：母猪在产前1周和产后1周，饲料中添加支原净（100克/吨）+金霉素或土霉素（300克/吨）。
6.做好猪场猪瘟、伪狂犬病、猪细小病毒感染、气喘病等疫苗的免疫接种。规模化猪场应提倡使用猪气喘病灭活疫苗免疫接种，有利于提高猪群呼吸道和肺脏的免疫力，可减少呼吸道病原体的继发感染。
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