当前，在免疫程序应用中存在的问题主要表现为盲目迷信专家提供的免疫程序、盲从生物制品企业推荐的免疫程序、机械照搬种猪场或大型养猪企业的免疫程序。实事求是地讲，猪病防治专家、教授、生物制品企业和种猪饲养企业，对猪病防治方面都进行过专门的研究，在制定免疫程序方面有丰富的经验。问题在于专家、学者在正式刊物和学术会议上所发表的免疫程序是最普通的免疫程序，虽然能够经得起评说挑剔，但针对性较差；生物制品企业由于受技术力量限制，所推荐的免疫程序大多带有企业特色和地域特色；各种猪场推荐的免疫程序一般是本企业免疫程序的再版或修订版；大型商品猪饲养企业的免疫程序一般只允许使用于本企业所关联的专业户和小型商品猪场。
笔者认为，免疫程序是养猪企业的核心技术，并且各企业的管理水平，尤其是猪病防治的技术水平差异很大，养猪历史长短不一，繁殖猪群来源不同，许多猪场甚至在养猪的同时，还饲养狗、鱼、鸡、鹅、鸽子等动物，从而形成了各个企业各自不同的传染病结构。所以，企业不论规模大小，均需根据自己猪场的管理水平和防治人员的技术水平、疫病发生情况、传染病结构实际、当地猪传染病流行规律以及不同季节猪病发生和流行规律，制定出符合各自实际的独特的免疫程序，而不是简单照抄、机械照搬、廉价挪用其他单位或杂志、期刊上的免疫程序。最好的解决办法是聘请具有较高水平的兽医专业的技术人员到本场详细考察、调查，分析研究引种档案和疫病防治档案、当地猪病流行资料之后专门制定。
由于企业规模较小或聘请专业技术人员有困难而不得不引用免疫程序时，应把握如下几项原则：即修改补充、就近就种（大）、病毒为主、尽量用死苗。即不论是引用刊物登载的免疫程序，或是种猪场、大型企业、生物制品企业的免疫程序，都要结合本场猪病流行情况和当地猪病流行规律进行修改补充；引用免疫程序时以直线距离最近种猪场（大型猪场）的免疫程序参考引种猪场免疫程序进行修改；当引用的免疫程序非常复杂时，新建场和小型场、专业户应以病毒性猪病为主要免疫对象，并剔除当地养猪同行未听说过的病毒病；当引用免疫程序中病毒性猪病免疫非常复杂时，修改时应尽可能少用活疫苗。
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