1.种蛋的选择
种蛋的质量对孵化率和雏鸭质量有决定性的影响，孵化前应认真选择。主要选择的指标有：
⑴种蛋的形状。绿头鸭种蛋的形状为椭圆形，蛋形指数68%～72%，低于68%太长，高于72%太圆，都不宜作种蛋用。
⑵种蛋的大小。绿头鸭种蛋大小是54～68克，平均60克。过大和过小的种蛋都不宜用来孵化。蛋重过大的种蛋孵化率很低，过小的蛋孵化率也较低，而且雏鸭弱小。
⑶种蛋的表现性状。种蛋的蛋壳应致密、均匀、颜色大多数为橄榄绿色，有的为白色。凡钢、砂、裂、污种蛋均不能用于孵化。
⑷存放时间过长的种蛋不能用来孵化。一般春秋季存放时间不超过2周，夏季不能超过1周。
2.种蛋的保存和运输
种蛋的保存时间与保存温度有密切关系。15～16℃时可保存一周，12～13℃时可保存1周以上，一般情况下，13～21℃是适宜的，但以13～16℃为最佳。种蛋库的湿度为75%～80%。
种蛋运输时应注意包装完善，以避免震动碰破。另外还要正确选择交通工具，尽量缩短路途中停留时间，以防种蛋遭受污染或因放置时间长而影响孵化率。
3.种蛋的消毒方法
⑴熏蒸。每立方米消毒柜用28毫升福尔马林加14克高锰酸钾粉，熏蒸20～30分钟。消毒室温度25℃左右，湿度为75%～80%。
⑵0.1%新洁尔灭溶液清洁消毒。使用时，种蛋浸泡时间不宜太长，否则会影响孵化率，一般浸泡3～4分钟即可。
4.种蛋的机器孵化
人工孵化种蛋的孵化期是26～28天。
孵化室温度控制在22～25℃，孵化室温度调控在37～38.8℃，湿度遵循前低后高原则，落盘前相对湿度为65%～75%，落盘后出雏器中相对湿度为75%～85%，湿度不够时，可在机中挂用热水浸泡的毛巾或麻袋增加湿度。
机器孵化照蛋检查只在7～10天照一次，以剔除无精蛋和死蛋。
翻蛋每2小时1次，移盘后(25天)停止。
5.影响绿头鸭种蛋孵化率的因素
⑴近交系数。已固定的绿头鸭种群，群内繁殖代数越多，近交系数越大，因而一些致死基因和半致死基因纯合的可能性就越大，也即发生近交衰退，从而影响受精蛋的孵化率。
⑵杂交优势。品系间杂交，能充分发挥杂种优势，从而提高种蛋的孵化率。
⑶种鸭的饲养管理水平及健康状况。维生素A和维生素D等的缺乏会导致早期胚胎死亡，健雏率下降。核黄素缺乏会导致胚胎发育迟缓，蛋重损失减少，后期胚胎死亡率增高，出现相当数量的绒毛卷曲、颈和肢麻痹的弱雏。饲养管理差，健康不良种鸭所产种蛋中受精蛋中弱精蛋比例明显增高。
另外，种蛋的存放时间、存放温度、孵化过程中温度、湿度的调控及翻蛋操作等均会对种蛋孵化率带来影响。
6.其它孵化法
我国民间常用的有火炕孵化法、桶孵化法以及据此改进的平箱孵化法、温室孵化法、煤油灯孵化法等，只要遵循上述的几个原则，都可用于绿头鸭种蛋的孵化。
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