近年来，在一些老棉区，棉花“死棵”问题越来越严重，使不少棉农蒙受了损失。虽然也进行了防治，但还是一年重似一年，效果很不理想。因此要以“防病为主，治病为辅”防治棉病，降低棉花发病。
1 针对卵菌属病害的防治
近年来抗病抗虫棉种的推广，使棉花“死棵”的病害发生了变化，其中最主要的病害是卵菌属病害，60%～70%是由疫霉菌或腐霉菌等卵菌引起的。原来由真菌镰刀菌、立枯菌等引起的病害，虽然仍有发生，也较严重，但均没有卵菌的为害程度大。因此，棉花“死棵”应以苗期防治，以灌根或淋根为主，选用杀卵菌效果好的杀菌剂，如恶唑菌酮（抑快净）、丙森锌（安泰生），配合生根壮菌型2116，或应天2号等。
2 针对病害种类防治
棉花的病害种类发生了变化，危害棉花根部、茎部，造成“死棵”的病害有枯萎、黄萎、立枯、猝倒、疫病、基腐、茎腐、根病等十几种，有卵菌、真菌、细菌之分，不同的病害需要不同的防治方法，应区别对待并采取恰当的防治措施，包括综合用药。如棉花枯萎病发生的面积大、危害大，发现成片的死棵后再治，就为时已晚了。最好在发病初期，一般在麦收前，5月中旬，棉花棵红绿相间还没有消失；中午高温干旱，但棉花地不干旱，个别棉株打蔫，似乎是旱像，这时开始第1次打药，甚至可以提前打药。用防治枯黄萎病的药隔10d打1次，连用3～5d此病可消失。如果病已发生，已造成成片死棵时再打药只能起到控制再发展的作用。
3 针对土传病害防治
多年连续栽培棉花的地块，生理性病害和根病最为明显。土传病害，主要种类有枯萎病、根腐病等。它是从根部开始侵染，通过维管束侵染到茎、叶、铃等各个部位。受害棉田棉花从苗期就会死掉很多，即使补齐了苗，到了铃期有的植株也会出现萎蔫，还有的发生死棵。因此，种植前要对棉田进行土壤消毒。播种前，在播种带表面均匀撒施棉花专用土壤净化剂，人工翻混（人工播种）或随播种机翻混。播种前或播种时，在播种沟下面10～12cm，或者距离播种沟一侧8～12cm，沟施棉花专用土壤净化剂。土壤净化剂要与棉花种子保持一定距离，不能直接与种子接触，以免造成药害。由于土传病害的分布范围广，要彻底消除，还需要配合合理轮作、深翻晒垡以及高温消毒等技术。
4 针对气候条件防治
棉花病害发生有一定规律，在春季低温、夏季高温、雨后、浇水后土壤湿度大时最容易发病。连续10多天阴雨低温，温度在18～25℃是黄萎病发展蔓延的最佳适温区间，大量的病菌繁殖充斥、堵塞棉株的维管束，影响水分养分的输送，所以会出现叶片萎蔫甚至脱落。伏天每次强降雨后，会伴随出现1次黄萎病的发病高峰。
每年夏季都有几个高温高峰期，遇高温高峰期棉株即发病，而且来势猛，防治难度也大。如防治不当能引起大面积死棵，造成大减产，甚至绝产。如遇高温天气应喷杀菌药加营养药预防，连续用药2～3遍，就能有效防止棉病发生。
5 改变种植方法
大部分棉区（特别是北方棉区）没有育苗的习惯，而采取直播的方式，因为棉花播种时间在4月下旬至5月上旬，多遇“倒春寒”或“阴雨”天气，使播种后1个月左右发生一批以疫霉菌、腐霉菌为主的根病的规律。因此，应采用育苗移栽的种植方法，底施生物有机肥或用生物菌肥拌种，促进根系发育，减少根际有害病菌的发生。
6 尽早防治棉花“死棵”
①防治太晚或根本不防治是造成棉花“死棵”的主要原因，应在定苗期进行防治。②重视如雨水、耕耘等途径的传播病菌，并加以预防。合理施用化学肥料（如磷酸二铵、复合肥），多施用充分腐熟的有机肥。重视对菌类生物肥的抗枯黄萎病菌的特性。棉花“死棵”须早防，特别是地膜棉，卵菌发生早，根系浅，发病重。在防治措施上应采取增施生物有机肥，配方施肥，适时早防病害，把损失降至最低，栽培措施上采取适时揭膜，并配合追肥、培土浇水等。
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