甜菜丛根病是世界范围分布的一种毁灭性病害，我国内蒙、新疆于1978、1981年先后发现，减产22%-44%。
防治方法
1、选用培育抗病品种 目前可推广我国内蒙古选育的耐病品种内C9203和德国的5007、5075等抗病品种及我国培育的工农301、双斗305等耐病品种。
2、由BNYVV病毒引发的坏死黄脉型、黄化型和黄色焦枯型甜菜丛根病，甜菜多粘菌侵入甜菜根部前有一段时间游动孢子暴露在寄主体外，受外界条件影响很大，是防治该病的有利时机，提倡在纸筒育苗时用未经感染的pH6的土壤育苗。
3、及时清除农田杂草，尤其是藜科杂草。
　　4、轻病区实行4年以上的轮作，重病区坚持轮作10年以上。避免重茬。避开病地采种。适期早播，增施磷肥。
5、对黑色焦枯型丛根病则应从杀灭传播该病的长针线虫入手。意大利、法国、日本用氯化 苦、溴甲烷消毒土壤也有效。
6、采取合理的农业措施可减轻丛根病的为害。应选择土层深厚、平坦、排水良好、地下水位低、有机质丰富的地块栽培甜菜，可提高甜菜抗病品种的后天抗病能力。 避开重茬、迎茬地，前茬以小麦、谷子和马铃薯为好。避免病地采种，不带病土。轻病地要5年以上轮作，封闭4～5级重病地。
　　7、化学防治。每千克种子用复配农药苗康40克或安根30克拌种，可防治丛根病。若用福美双，用量为种子量的0.8%。定苗时沟施福硫混剂（1∶1），每亩用量2.5千克，减少传毒媒介的再浸染。