一、生理病害 贮藏期生理病的发生与果实采收期有密切关系，适时采收是防止该类病害发生的重要措施之一。苹果苦痘病是缺钙造成的，在果实采收后可用2～4%的氯化钙溶液浸果，并注意入贮果实前期温度不应过高，以避免该病的大量发生；苹果虎皮病是因果实成熟度不够而早采引起的，可在果实采收后，用500～1000PPM的卵磷脂液浸果，并尽快进入低温条件贮存；果肉褐变是因低温、缺氧和二氧化碳中毒造成，防止果肉褐变要抓好适期入贮，同时掌握贮存温度及调节好氧气(2～4%)和二氧化碳(3～5%)浓度。

二、真菌病害 包括轮纹病、炭疽病、青霉病和霉心病等，因这几种病害在果实生长发育也大量发生，故除在生长期加强防治外，在果实入库前要严格选果，防止病虫果入库。防治轮纹病和炭疽病，采前喷50%多菌灵或50%甲基托布津800倍液，对两病有较好的防治效果。贮藏前用500～1000倍50%多菌灵或800倍50%甲基托布津药液浸泡果实，也可用仲丁胺药或多功能保鲜纸包果。同时，贮藏期要适当降低贮藏室温度，若用气调，应适当提高二氧化碳浓度，降低氧的浓度。防治青霉病：①入贮前两周对贮藏场所用硫磺熏蒸，每10立方米空间用硫磺100～200克，也可用50%福尔马林500倍液喷洒消毒，每10立方米空间用0.5公斤药液。②入贮前用500～1000倍甲基托布津或多菌灵浸果。③贮藏温度应保持1～2摄氏度，并经常清除病果。防止苹果霉心病，应在贮藏期保持5摄氏度以下的低温。