一、种蛋的保存。即使经过严格挑选的种蛋，如果保存不当，也会导致孵化率下降，甚至无法孵化。由于受精蛋中的胚胎，在蛋的形成过程中已开始发育，因此在种蛋产出后入孵前，要注意保存温度、湿度和时间。
1、种蛋保存的适宜温度：蛋产出母体外，胚胎发育暂时停止，随后，在一定的外界环境下胚胎又开始发育，当环境温度偏高，但不是胚胎发育的适宜温度时，则胚胎发育不完全和不稳定，容易引起胚胎早期死亡，当环境温度长期偏低（0℃）。虽然胚胎发育处于静止状态，但胚胎活力严重下降，甚至死亡。一般种蛋保存适宜温度为13-18℃，保存时间长，采用温度下限，保存时间短，采用温度上限。
2、种蛋保存的适宜相对湿度：种蛋蛋壳上约有7500个直径为1.5-15微米的气孔，种蛋保存期间蛋内水分通过这些小孔不断蒸发，其速度与贮存的湿度成反比。一般相对湿度保持在75-80%，此外不要让阳光直射和穿堂风直吹种蛋。
3、种蛋保存时间：种蛋即使保存在适宜的环境下，孵化率也会随时间的延长而下降。随着保存时间的延长，蛋白杀菌的特性下降。蛋内水分蒸发增多，改变了蛋内的pH值，引起蛋黄系带和蛋黄膜变脆，由于蛋内各种酶的活动，引起胚胎衰弱及营养物质变性，降低了胚胎生活力，残余细菌的繁殖危及胚胎，导致孵化率下降。一般认为种蛋保存时间为5-7天为宜，不要超过两周。
二、种蛋的消毒。种蛋产出母体时，以被泄殖腔排泄污物污染，接触到产蛋箱垫料和粪便时，种蛋进一步被污染，因此蛋壳上很多细菌。随着时间的推移，细菌的数量迅速增多，如种蛋刚产出时，细菌数量为100-300，15分钟后为500-600，1小时后达4000-5000，并有些细菌通过蛋壳上的小孔进入蛋内，对孵化率和雏禽构成严重威胁，因此，必须对种蛋进行认真消毒。
1、种蛋消毒时间：从理论上讲最好在种蛋产出后立即消毒，这样可以杀灭壳上的绝大多数细菌，但是无法做到。比较切实可行的办法是在每天捡蛋完毕进行第一次消毒，种蛋入孵时，应在孵化器里进行第二次消毒。
2、种蛋消毒方法
⑴甲醛熏蒸消毒法。此法消毒效果好，操作简便。对清洁度较差的种蛋，每立方米用甲醛42毫升，高锰酸钾21克，在温度20-24℃，相对湿度75-80%条件下密闭熏蒸20分钟，可杀灭蛋壳上的病原微生物95-98%。在孵化器内进行第二次消毒时，每立方米用甲醛28毫升，高锰酸钾14克，密闭熏蒸20分钟，对种蛋产出时间较短，而又比较清洁，每立方米用甲醛14毫升，高锰酸钾7克，密闭熏蒸30分钟，但须注意：①甲醛与高锰酸钾的化学反应较强烈，又具有很大的腐蚀性，所以要用容积较大的陶瓷容器。先用适量温水溶化高锰酸钾，再将甲醛溶液倒入高锰酸钾溶液内，不要伤及皮肤和眼睛。②甲醛溶液挥发性很强，要随配随取，如发现两者混合后，只冒泡，产生小量烟雾，说明甲醛失效，要更换甲醛。③种蛋在孵化器内消毒时应避开24-96小时龄的种蛋，否则对胚胎不利。
⑵新洁尔灭消毒法：用含5%的新洁尔灭加50倍水即配成1:1000的水溶液。将种蛋浸泡3分钟（水温43-45℃），另外还有碘液浸泡法，百毒杀浸泡法，百菌清浸泡法等。种蛋保存期不宜用溶液浸泡消毒，溶液易破坏蛋面胶质层，加快蛋内水分蒸发。细菌也容易进入蛋内，因此仅用于入孵时消毒。
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