彻底清除植株残体。蒜根蛆对植株病残体，尤其是腐烂的大蒜植株有较强趋性，在大蒜收获时应彻底清除田间、地头、路边大蒜残体并销毁，以减少根蛆的食物来源，同时减少田间残留虫量。  
调控水肥和播种计划，破坏根蛆发生环境。施用有机肥应充分腐熟。深翻土壤，耕耙表土层，以减少虫量。根据当地具体情况，适期晚播。成虫羽化产卵期保持土表干燥，以减少成虫产卵量。 
诱杀成虫。可于成虫发生期，每亩（1亩=667m2）放置糖醋液（糖∶醋∶水∶90%晶体敌百虫=1∶1∶3∶0.1）3~4处，以诱杀成虫。