日本和越南之间最重要的历史纠葛就是二战时期，日本入侵越南，30年代中期，随着日本侵华战争步伐的加快，其侵略野心进一步扩大，在越南的活动也不断加强。从1938年日军夺取广东以后，日本就加紧了控制越南的活动。越南成了日军在东南亚猎取的第一个目标。

从1940年9月到1945年8月，日本共占领越南5年时间。在占领越南期间，日本在越南的统治非常野蛮，几乎是杀鸡取卵式的统治。在短短5年时间里，有将近200万越南人似乎大饥荒，这场饥荒和日本是脱不了干系的。在二战结束之后，日本向越南赔偿了3900万美元的赔款。二战后，日本曾为此向越南赔偿3900万美元。这是日本的又一笔血债，可惜日本至今仍不承认。

随着战争的进展，德国先后占领了荷兰、法国等国家，英国则处于孤立无援的状态。日本认为自己出手的机会到了，苏门答腊的石油、越南的大米、菲律宾的铁矿、马来亚的橡胶，这些都是日本需要的。1940年9月，日本通过自己的盟友德国，要求法国维希傀儡政权将越南地区移交给日本。从那个时候开始，日本接管了越南。由于日本也是亚洲国家，日本军队刚刚抵达越南时，越南把其视为了自己民族的解放者，堪称是夹道欢迎，箪食壶浆以迎王师的节奏。可是越南人渐渐发现，日本军队还不如原来的法国人。法国人是越南为殖民地，所以好歹还做了一些经营。日本则是抢一把就走的心理，把越南当成了自己的粮食补给基地，进行了野蛮的掠夺。

日本由于发动太平洋战争，动用了大量的兵员，很多适龄青年入伍，造成日本本土的粮食种植下降。既然日本本土的粮食不足，那日本便开始打越南的注意，正好越南盛产大米。取得占领权后，日本开始在越南北部实施“统治经济”政策，也就是将越南变成日本的战争物资来源地。从20世纪30年代开始，法国就逼迫越南农民放弃种植粮食，改种黄麻、棉花等工业农作物，导致越南粮食产量逐年减少。日军进入越南后，为支撑战争机器，更变本加厉地要求越南农民改种经济作物。

假法国殖民者之手，将越南的大米、橡胶、煤炭等战略物资源源不断地从南部的湄公河三角洲运往越南北部，并强行征收越南人手中的大米，造成越南市面上大米短缺、粮价飞涨。再加上天灾、战争，越南史上罕见的大饥荒发生了，据说有２００万人死于这场饥荒。

此外，日军还推行“义务售粮”制度，也就是以极低的价格从农民手中买粮。而法国人也配合日军，不断加大粮食征收的力度。到1943年，农民种出来的粮食有75%被日军或法国人以低价买走。越南农民有贮存大米以备荒年的传统，但日军的“义务售粮”制度却让这个传统难以为继。可是紧接着的1944、1945两年都出现了不同程度的旱灾，这回再也撑不住了。

当时已经进入了战争末期，日本已经准备进行本土防御作战。既然是本土防御，既然是需要更多的粮食。日本对越南粮食的征收开始变本加厉，越南北部地区开始出现大饥荒的情况。在旱灾过去以后，又出现了长期的雨季，这又形成了涝灾。有23万公顷的越南农田被淹没，粮食自然是颗粒无收。从1940年到1945年，在这5年时间里，有将近200万越南人死于饥饿。

越南的很多农民只能携家带口的逃亡，南部的逃亡泰国，北部的逃亡中国广西。这次灾难究竟饿死了多少人，各方的说法不一。日本人自己说只饿死了几万人，日本人说话的德行大家都清楚，这话根本不能相信。

当时有越南历史学家估计，死于那场大饥荒的人数应该在１００万到２００万之间。越南北部的一些学者更倾向于２００万这个数字。不过这种认识上的差异很快便被统一了：１９４５年９月２日，越南国父胡志明在宣布越南从法国独立的演讲中，谈到了这场大饥荒，他所用的数字便是２００万。　虽然越南天灾不少，但１９４４至１９４５年的大饥荒让越南人民损失最为惨重。

在二战结束以后，由于越南一直处于战争之中，所以日本仅仅赔偿了越南3900万美元。但这些微不足道的钱财如何能够抵得上200万条生命？而同样是被侵占的国家，菲律宾得到了8亿美元的赔款。日本投降之后，刚刚从战争中走出来的法国人，还准备卷土重来，越南抗法战争随即爆发。