早疫病
苗期、成株期均可染病，主要危害叶、茎、花、果，叶片上病斑为不断扩展的轮纹斑，具浅黄色晕圈，中部出现同心轮纹；病茎多在分枝处产生褐色病斑；叶柄生椭圆形轮纹斑，一般不将茎包住；果实上黑褐色斑后期出现黑色霉层。
防治方法该病常因基肥不足发病生重，因此要充分施足基肥，适时追肥，提高植株抗病力。大棚番茄重点抓生态防治，调整好棚内温度及湿度，尤其定植初期要防止棚内湿度过大。药剂防治强调发病前预防，可用80%喷克可湿性粉剂600倍液，或58%雷多米尔锰锌500倍液，或64%杀毒矾可湿性粉剂500倍液。番茄茎部发病除喷洒上述杀菌剂外，也可将50%扑海因配成180~200倍液涂抹病部，效果较好。
溃疡病
番茄成株期染病，病菌在植株韧皮部及髓部迅速扩展，开始下部叶片凋萎或卷缩，似缺水状，茎内变褐。后产生长短不一的空腔，下陷开裂。湿度大时可见菌脓从病茎或叶柄中溢出，成白色污状物。后期茎内变褐并中空，直至全株枯死。
防治方法用55度温水浸种30分钟或硫酸链霉素200ppm浸种2小时，用水冲净晾干后催芽。发现病株要及时拔除，全田喷洒14%络氨铜水剂300倍液，或77%可杀得可湿性粉剂500倍液，或25%青枯灵500倍液进行防治。
细菌性斑点病
幼苗、叶、茎和果实均能发病，以叶片发生较为普遍。叶上病斑初为水浸状、黄绿色斑，后变为边缘暗褐色的凹陷斑，表面粗糙如疮痂状，果实上黑色斑后干成一层发亮的薄膜状。该病常引起落叶及植株死亡，近年来危害呈渐重趋势。
防治方法经55度温水浸种10分种，移入冷水冷却后催芽，病害通常是随病苗进入田间，所以在苗床上用杀细菌剂进行预防保护是较经济可行的防病措施，可喷72%农用链霉素或新植霉素4000倍液，每隔5~7天喷一次，发病初除喷上述药剂以外还可以喷25%络氨铜水剂500倍液，或50%琥胶肥酸铜(DT)400~500倍液。
低温生理病
番茄长期处在低温条件下易发该病，受害叶片叶背向上反卷，叶缘逐渐干枯，皱缩，顶叶黄化，形成畸形花,造成落花落果，受害重的叶片呈水渍状，果实上出现斑点。
防治方法可选用耐低温品种，从苗期加强低温锻炼，采用地面覆膜并及时采取挽救措施，如气温过低已发生冻害，要采用缓慢升温措施，使番茄机能慢慢恢复。同时喷洒72%农用链霉素4000倍液，以减少冰核细菌数量，降低受伤害程度。此外可施用抗寒剂1号，亩用量200毫升，还可喷洒27%高脂膜乳剂80~100倍液。
激素药害
激素药害即2.4-D药害，也叫番茄果实尖顶病。受害叶片向下弯曲，新生叶细长，不能正常展开且叶缘扭曲，畸形、叶色变浅；果实多在脐部突起或出现裂果、僵果、畸形果。这是因为植物生长调节剂2.4-D使用过量或在温度改变时没有相应调整使用浓度造成的。
防治方法严格掌握2.4-D使用浓度和方法：1.沾花要适时，前期气温低，花少，每隔2~3天沾一次，盛花期每天或隔天沾花；2.防止重复沾花，应用2.4-D只能沾花、涂花柄，只能1次，不可重复且不可喷药，以免造成浓度过高出现畸形果；3.定植后气温15~20度时，浓度以10~15ppm为宜，气温升高时，根据当时天气情况及不同番茄品种，浓度可降为6~8ppm；4.田间花数量大，可改用防落素25~40ppm喷药，亦可用保果宁二号按每克加15公斤水的比例喷花，不要喷在叶片上。
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