培养料的发酵分为一次发酵法和二次发酵法。
（1）一次发酵法 建堆前1天，将稻（麦）草切断，用清水淋透，使之充分吸水，堆放1天。建堆前7-10天，将干粪用清水或尿水淋湿，然后建堆发酵。堆制时，要求1层粪、1层草，逐层堆放，到第四层开始浇水，从第四层到第八层逐层加入全部的饼肥、过磷酸钙及石膏和一半量的尿素，堆好10层后，堆高达1.5m左右，四边基本垂直，堆顶做成龟背形，最上面盖1层粪。为保持通气状态，可在料堆顶部用竹筒从上向下插2-3个通气孔。为保温、保湿，堆顶要覆盖草苫子，雨天要盖薄膜。堆料时要求培养料的含水量达到饱和。堆料的第二天要测定50厘米以内的料温，正常情况下料温会升高到70摄氏度，如达不到此温度，要查明原因，尽快采取补救措施。发酵期间每隔一段时间要进行一次翻堆，并补充辅助原料，调整培养料的含水量和pH。建堆后的第二天，料温开始上升，第三天料堆中心温度达到最高点（74-80摄氏度），在达到此温度的情况下，建堆6-7天后可进行第一次翻堆。翻堆前一天在料堆上部先浇水，翻堆时再逐层浇水，堆好后在其周围要有少量水流出来，说明补水量合适。建堆时仍然从第四层至第八层加入余下的尿素。第一次翻堆2天后，料温最高可达75-80摄氏度。第一次翻堆后5-6天，进行第二次翻堆。第二次翻堆的重点是调整水分，含水量以用手紧握培养料，可挤出3-4滴水为宜。雨天盖塑料布，要用木棍支起来，使料里面透气，防止厌气发酵，保持料温在60-65摄氏度。一般第二次翻堆4-5天后即可进行第三次翻堆，方法同上。如果有粪块，要捣碎后再拌入。第三次翻堆后4天，进行第四次翻堆。首先检查料堆的含水量，方法是用手紧握培养料时，指缝间滴1-2滴水正合适，水分不够，用1%的石灰水调节。水分过大，先摊晾片刻，到水分合适时再建堆。同时配制浓度为0.5%的敌敌畏，喷洒灭虫。第四次翻堆后3-4天，料内温度仍在50摄氏度左右并趋向平稳，进行最后一次翻堆，翻堆时调节培养料的含水量为60%-63%，pH7.5-8.0，同时检查培养料内是否有残存的氨气和害虫，如氨味可重用甲醛中和，如有虫可用0.5%敌敌畏灭虫。培养料从堆制到进房，一般要翻堆4-5次，每次翻堆间隔时间通常为7、6、5、4、3天。在堆制过程中，培养料的水分要先湿后干，料堆要先大后小，翻堆间隔时间要先长后短，遵循这一原则，堆温可长期维持在50摄氏度以上。
（2）二次发酵（后发酵）后发酵过去一般是经过人为空间加温，使料加快升温速度。现在一般用塑料大棚栽培，通过光照自然升温就可以了。发酵好的料趁热移入棚内，堆成小堆，每堆数量刚好辅一床面。待料升温到60摄氏度时，保持6小时，以进一步杀死杂菌与害虫，切勿超过70摄氏度，以免伤害有益微生物，然后让料温降至52摄氏度，保持4天，以促进微生物的生长繁殖，每天通风2次，每次30分钟。若料偏干，可根据料的酸碱度喷石灰水。之后，开始铺料。料的厚度为25-30厘米。摊好料后要轻轻拍实。
后发酵好的料应呈棕红色，且有大量白色粉末状放线菌，有甜面包味，含水量约60%-62%，用手握之，指缝中有水纹。能握之成团，抖之即散，pH在7.5左右。
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